年末調整と確定申告の違い｜会社員が確認すべきケース

会社員の所得税及び復興特別所得税は、多くの場合、毎月の給与や賞与から源泉徴収され、年末に勤務先で年末調整が行われます。

ただし、会社員であっても、年末調整だけでは完結しないことがあります。たとえば、副業所得がある場合、2か所以上から給与を受けている場合、医療費控除や寄附金控除を受けたい場合、住宅ローン控除を初めて受ける場合などです。

本記事では、年末調整で完了するケースと、確定申告が必要または有利になるケースを整理します。

この記事の要点

• 1か所勤務で給与所得のみの会社員は、基本的に年末調整で完結します。ただし、控除を受ける場合は申告が必要にることがあります。
• 給与収入2,000万円超、副業所得、2か所給与などがある場合は、確定申告が必要になることがあります。
• 医療費控除、寄附金控除、住宅ローン控除の初年度などは、確定申告で還付や控除を受けられる可能性があります。

年末調整と確定申告の違い

年末調整と確定申告の違いは、次のように整理できます。

項目	年末調整	確定申告
手続きする人	主に勤務先	本人
主な対象	勤務先からの給与所得	その年の所得全体
主な目的	源泉徴収された税額と年間税額の精算	所得・控除・税額を本人が申告
時期	年末ごろ	原則として翌年2月16日から3月15日まで
会社員にとっての位置づけ	多くの場合はここで完了	必要な人、または還付・控除を受けたい人が行う

確定申告は、毎年1月1日から12月31日までの所得金額と税額を計算し、源泉徴収税額などとの過不足を精算する手続きです。申告期間は原則として翌年2月16日から3月15日までです。

年末調整は、勤務先の給与を中心に所得税等を精算する手続きです。そのため、給与以外の所得や、勤務先では確認できない個人的な控除は、確定申告が必要になることがあります。

会社員の所得税の流れ

会社員の所得税は、基本的に次の流れで考えると整理しやすくなります。

手続き	内容
源泉徴収	毎月の給与や賞与から、所得税等があらかじめ差し引かれる
年末調整	勤務先が年間の給与や控除をもとに税額を精算する
確定申告	年末調整で反映できない所得や控除がある場合に、本人が申告する

毎月の源泉徴収税額は概算です。そのため、扶養親族の状況、保険料控除、給与額の変動などを反映して、年末調整で年間の税額を精算します。

ただし、年末調整で扱える範囲には限りがあります。会社が把握していない副業所得、医療費、寄附金、災害損失などは、必要に応じて確定申告で申告します。

年末調整で完了しやすいケース

勤務先が1か所で、給与以外の所得がなく、給与収入が2,000万円以下で、必要な申告書や控除証明書を会社に提出している場合は、基本的には年末調整で所得税等の精算が完了します。

年末調整では、主に次のような控除が反映されます。

控除の例	年末調整での扱い
基礎控除	会社に申告書を提出して反映
扶養控除	扶養控除等申告書などで反映
配偶者控除・配偶者特別控除	所得要件を確認して反映
生命保険料控除	控除証明書を提出して反映
地震保険料控除	控除証明書を提出して反映
社会保険料控除	給与天引き分などを反映
住宅ローン控除の2年目以後	給与所得者は年末調整で対応できる場合がある

なお、令和7年度税制改正により、所得税の基礎控除や給与所得控除の見直し、特定親族特別控除の創設が行われています。これらは原則として令和7年分以後の所得税に適用され、令和7年12月以後の年末調整などに影響します。

年末調整後でも確定申告が必要になる主なケース

会社員でも、次のような場合は確定申告が必要になることがあります。

給与収入が2,000万円を超える場合

給与の年間収入金額が2,000万円を超える人は、確定申告が必要です。

この場合、会社員であっても年末調整だけでは完了しないため、自分で確定申告を行う必要があります。

副業など給与以外の所得がある場合

副業、原稿料、講演料、アフィリエイト、業務委託収入などがある場合は注意が必要です。

1か所から給与を受けていて、その給与の全部が源泉徴収の対象となっている場合、給与所得・退職所得以外の所得金額の合計額が20万円を超えると、所得税の確定申告が必要になります。ここでいう「所得」は、原則として収入から必要経費を差し引いた金額です。

なお、所得税の確定申告が不要な場合でも、住民税の申告が必要になることがあります。20万円以下の副業所得がある場合は、お住まいの自治体の案内も確認してください。

また、医療費控除などのために確定申告をする場合は、原則として20万円以下の所得も含めて申告します。

2か所以上から給与を受け取っている場合

本業とは別にアルバイトなどの給与収入がある場合も、確定申告が必要になることがあります。

給与を2か所以上から受けていて、給与の全部が源泉徴収の対象となる場合、年末調整されなかった給与の収入金額と、給与所得・退職所得以外の所得金額との合計額が20万円を超えると、確定申告が必要になります。

副業先から給与を受け取っている場合は、「給与以外の所得」ではなく「2か所給与」の整理になります。

その他、確定申告が必要になることがあるケース

上記以外にも、次のような場合は確定申告が必要になることがあります。

• 同族会社の役員が、その会社から貸付金の利子や不動産賃貸料などを受け取っている
• 源泉徴収義務のない者から給与等の支払を受けている
• 退職所得について、正規の方法で計算した税額が源泉徴収税額より多い

一般的な会社員には頻出ではありませんが、該当する可能性がある場合は、国税庁の最新情報や専門家に確認しましょう。

確定申告で還付・控除を受けられる主なケース

確定申告には、「申告しなければならないケース」だけでなく、「申告することで還付や控除を受けられるケース」もあります。

確定申告書を提出する義務がない人でも、源泉徴収された所得税額などが年間の所得税額より多い場合は、還付申告によって納め過ぎた税金の還付を受けられます。還付申告は、通常の確定申告期間に限られず、その年の翌年1月1日から5年間提出できます。

主なケースは次のとおりです。

ケース	確定申告での扱い
医療費控除を受けたい	年末調整では反映されないため、確定申告で申告する
ふるさと納税・寄附金控除を申告したい	原則として確定申告で申告する
住宅ローン控除を初めて受ける	初年度は確定申告が必要
年の途中で退職し、年末調整を受けていない	還付を受けられる可能性がある
災害・盗難・横領などで損失がある	雑損控除を受けられる可能性がある

医療費控除を受けたい場合

医療費控除は、年末調整では反映されません。

その年の1月1日から12月31日までに、自分や生計を一にする配偶者・親族のために医療費を支払い、その金額が一定額を超える場合は、確定申告によって所得控除を受けられる可能性があります。

医療費控除額は、原則として次の式で計算します。

実際に支払った医療費の合計額
－ 保険金などで補てんされる金額
－ 10万円

ただし、総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円ではなく総所得金額等の5％を差し引きます。

ふるさと納税・寄附金控除を申告したい場合

ふるさと納税は、寄附額のうち2,000円を超える部分について、所得税や住民税から控除を受けられる制度です。

一定の要件を満たす場合はワンストップ特例制度を利用できますが、確定申告を行う場合はワンストップ特例の申請が無効になります。そのため、医療費控除などのために確定申告をする場合は、ワンストップ特例を申請していた寄附分も含めて、寄附金控除を申告する必要があります。

住宅ローン控除を初めて受ける場合

住宅ローン控除、正式には住宅借入金等特別控除を初めて受ける年は、給与所得者であっても確定申告が必要です。

2年目以後は、給与所得者であれば年末調整で住宅ローン控除の適用を受けられる場合があります。住宅ローン控除は、居住開始年や住宅の種類によって要件が異なるため、自分のケースに合う要件を確認しておきましょう。

年の途中で退職し、年末調整を受けていない場合

年の途中で退職し、その年中に再就職していない場合などは、年末調整を受けていないことがあります。

この場合、給与から源泉徴収された所得税等が本来の年税額より多くなっていることがあり、確定申告によって還付を受けられる可能性があります。

雑損控除を受ける場合

災害・盗難・横領などにより、生活に通常必要な資産に損害を受けた場合は、雑損控除を受けられることがあります。

雑損控除も年末調整では反映されないため、適用を受ける場合は確定申告が必要です。

迷ったときの確認チェックリスト

年末調整後に、次の項目を確認してみてください。

確認項目	該当する場合の考え方
給与収入が2,000万円を超えている	確定申告が必要
給与以外の所得金額が20万円を超えている	確定申告が必要になる可能性
2か所以上から給与を受け取っている	年末調整されなかった給与収入等を確認
医療費控除を受けたい	確定申告が必要
ふるさと納税について確定申告をする	ワンストップ特例分も含めて寄附金控除を申告
住宅ローン控除の初年度である	確定申告が必要
年の途中で退職し、年末調整を受けていない	還付申告を検討
災害・盗難・横領などで損失がある	雑損控除を検討
所得税の確定申告は不要だが副業所得がある	住民税申告が必要か自治体に確認

確定申告が必要かどうかは、「申告義務があるか」と「申告すると還付や控除を受けられるか」に分けて考えると整理しやすくなります。

まとめ

会社員の所得税及び復興特別所得税は、多くの場合、源泉徴収と年末調整によって精算されます。

ただし、年末調整は勤務先の給与を中心とした手続きです。副業所得、2か所給与、医療費控除、寄附金控除、住宅ローン控除の初年度などは、年末調整だけでは対応できないことがあります。

年末調整後は源泉徴収票を確認し、自分に確定申告が必要か、または申告した方がよいかを確認しましょう。迷う場合は、税務署や専門家に確認することをおすすめします。税務顧問等のお問い合わせはフォームよりお願いします。

参考情報

• 国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」
• 国税庁「確定申告」
• 国税庁「還付申告」